L'île est restée largement épargnée par le tourisme tout au long des années 1990, son terrain karstique calcaire et son manque de sources d'eau douce ayant dissuadé le développement de complexes hôteliers qui a transformé Bali, sa voisine. Les villages locaux subvenaient à leurs besoins grâce à la culture des algues et à l'agriculture vivrière, tandis que les temples au sommet des falaises de l'île attiraient les pèlerins hindous lors des cérémonies de Galungan et Kuningan. Les services de ferry se sont développés en 2010, réduisant les temps de traversée de deux heures à trente minutes, et les images sur les réseaux sociaux du cap en forme de T-Rex de la plage de Kelingking ont attiré l'attention internationale dès 2015.
Aujourd'hui, l'excursion à Nusa Penida depuis Bali fonctionne comme une excursion d'une journée parfaitement orchestrée, avec des bateaux rapides au départ de la plage de Sanur entre six et neuf heures du matin. La plupart des forfaits d'excursion à Nusa Penida suivent deux circuits établis : la route ouest couvre la plage de Kelingking, Angel's Billabong, Broken Beach et Crystal Bay sur six à sept heures, tandis que la boucle est visite la plage d'Atuh, Diamond Beach, la cabane dans les arbres Rumah Pohon et le point de vue des Mille Îles. L'état des routes reste difficile—la route côtière principale n'a été asphaltée qu'en segments entre 2018 et 2022, et les routes intérieures menant aux points de vue au sommet des falaises sont des pistes de gravier escarpées nécessitant des véhicules tout-terrain. La topographie spectaculaire de l'île récompense le trajet difficile : la plateforme d'observation de Kelingking surplombe une chute de trois cents mètres vers du sable blanc accessible uniquement par une descente assistée par corde, tandis qu'Angel's Billabong forme une piscine naturelle à débordement creusée dans le calcaire côtier à marée basse.
Les lieux touristiques de Nusa Penida se concentrent le long des côtes sud et est, où le calcaire de l'époque miocène rencontre l'océan Indien sous forme de falaises verticales et d'arches marines. Les jardins de corail de Crystal Bay abritent des stations de nettoyage de raies manta toute l'année, attirant les plongeurs en apnée dans des eaux à quinze mètres de visibilité. La taxe touristique de 25 000 roupies collectée aux ports de Toyapakeh et Buyuk finance l'entretien des routes et l'infrastructure de gestion des déchets installée depuis 2019. Les itinéraires d'expédition sur l'île de Penida allouent généralement quarante minutes par point de vue, bien que les photographes s'attardent plus longtemps à Kelingking et Diamond Beach, où la lumière du matin illumine les parois des falaises depuis l'est. La saison sèche de l'île s'étend d'avril à octobre, période où des mers plus calmes améliorent les traversées en bateau et réduisent le risque de fermetures de ports qui bloquent occasionnellement les visiteurs lors des houles de janvier et février.
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